EOS-1D の初期品に、ISO 800、ISO 1600 、ISO 3200 の高 ISO 感度撮影時に暗い被写体や暗い背景などによっては画像にノイズが発生する場合があるという不具合がある問題について、この不具合を改善するファームウェア Version 1.3.0 が公開されています。ノイズを低減するには、このファームウェアへのアップデートとノイズ低減用トーンカーブをカメラに設定する必要があります。
また、撮影条件によっては画面上部に横線状のノイズが発生する不具合についても修正する準備が整ったそうですが、サービスセンターに問い合わせをする必要があり、修正には多少時間がかかるようです。なお、購入時のファームウェアが Version 1.2.0 以上の機種については、すでにこの不具合が修正されています。